Boa noite @rodrigo.viana !!

Segue uma resposta originalmente do nosso amigo @wansley.soto postada no finado StackOverflow da sankhya em Join the Sankhya DEV Team - Stack Overflow for Teams.

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Então, estava dando uma analisada no código interno do JAR MGE-Modelcore e verifiquei que essa classe BaixaFinanceiraSP é implementada pelo cara BaixaFinanceiroSPBean. Quanto a essa vertente, acho que vai ser um pouco mais difícil trabalhar com esse método baixaTitulo, tendo em vista que o único parâmetro que ele recebe é um contexto, nesse caso teria que preparar na mão completamente o ServiceContext inteiro. Há outro cara que pode te ajudar um pouco melhor e mais facilmente que é o BaixaHelper. Ele é implementado em uma classe no próprio Modelcore dessa forma (br.com.sankhya.modelcore.facades.RecebimentoComCartaoSPBean.baixarTitulos):
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private void baixarTitulos(EntityFacade \ndwfEntityFacade, RecebimentoCartaoConfig config, Collection<DynamicVO> financeirosVO) throws Exception {\nBigDecimal codUsuarioLogado = AuthenticationInfo.getCurrent().getUserID();\n\nfor (DynamicVO finVO : financeirosVO) {\n  DynamicVO tipTitVO = finVO.asDymamicVO(\"TipoTitulo\");\n  \n  if (\"S\".equals(tipTitVO.asString(\"FASTBAIXA\"))) {\n    validarDadosDeBaixa(config, tipTitVO);\n    \n    BaixaHelper baixaHelper = new BaixaHelper(finVO.asBigDecimal(\"NUFIN\"), codUsuarioLogado);\n    baixaHelper.setImprimirComprovanteCartao(false);\n    \n    Timestamp dtBaixa = new Timestamp(TimeUtils.getToday());\n    DadosBaixa dadosBaixa = new DadosBaixa(dtBaixa);\n    \n    DynamicVO caixaVO = CaixaHelper.getVOCaixaAberto(codUsuarioLogado);\n    if (caixaVO != null) {\n      dadosBaixa = baixaHelper.montaDadosBaixa(dtBaixa, false);\n    } else {\n      dadosBaixa = baixaHelper.montaDadosBaixa(finVO.asTimestamp(\"DTVENC\"), false);\n    } \n    \n    dadosBaixa.getDadosAdicionais().setCodEmpresa(config.codEmpBaixa);\n    dadosBaixa.getDadosBancarios().setCodConta(config.codCtaBcoIntBaixa);\n    dadosBaixa.getDadosBancarios().setCodLancamento(config.codLancamento);\n    dadosBaixa.getDadosAdicionais().setCodTipoOperacao(config.codTipOperBaixa);\n    dadosBaixa.getDadosBancarios().setNumDocumento(finVO.asBigDecimal(\"NUMNOTA\"));\n    dadosBaixa.getValoresBaixa().setVlrDesconto(finVO.asDouble(\"VLRDESC\"));\n    dadosBaixa.getValoresBaixa().setTaxaAdm(finVO.asDouble(\"CARTAODESC\"));\n    dadosBaixa.getValoresBaixa().setVlrMulta(finVO.asDouble(\"VLRMULTA\"));\n    dadosBaixa.getValoresBaixa().setVlrJuros(finVO.asDouble(\"VLRJURO\"));\n    dadosBaixa.getValoresBaixa().setVlrTotal(BaixaHelper.calculaValorBaixa(dadosBaixa, finVO.asDouble(\"VLRDESDOB\"), dadosBaixa.getImpostos().getOutrosImpostos(), finVO.asInt(\"CODMOEDA\")));\n    \n    baixaHelper.baixar(dadosBaixa); continue;\n  } \n  RecebimentoComCartaoHelper.gravarMovimentoCaixaRecebimentoCartao(finVO);\n} \n}\n

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Tem um pouco de entulho aí, mas uma chamada para os métodos desse cara externamente, vai conseguir realizar o fluxo para a baixa no Sankhya.
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Baixa de título - Java